如果不愿意工作了，公司从辞职单里扣500元合理

公司无故从辞职单里扣500元不合理，可能违法。依据《劳动法》，单位不应无故克扣工资，否则违法。若公司以此为由损害员工权益，员工可依法维权，否则可能影响员工合法权益及信任度。
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公司扣辞职金不合理。操作如下：1.与公司人事沟通，了解扣款原因，要求提供扣款依据；2.若公司无法提供合理依据，可书面提出异议，要求返还扣款；3.如公司拒绝，可向当地劳动监察部门投诉，或提起劳动仲裁；4.必要时，可寻求律师帮助，通过法律途径维权。
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处理此问题，可先与公司沟通解决，要求合理解释扣款原因。若沟通无果，可向劳动仲裁部门投诉或寻求法律援助。选择方式时，应考虑效率与成本，以及个人时间精力。